Při stavbě nového skleníku hraje samozřejmě roli jeho velikost, tvar (obloukový nebo klasický se sedlovou střechou), ale jedním z nejdůležitějších faktorů při rozhodování je také volba materiálu, a to jednak kvůli finančním důvodům – klasický skleník se skleněnými deskami vás bude stát víc než polykarbonátový nebo s plexisklem – a jednak kvůli samotné stavbě – skleněný skleník má mnohem robustnější konstrukci vyžadující pevné betonové základy, zatímco u plastového skleníku toto řešit nemusíte.

Pro mnoho zahrádkářů je klasický skleněný skleník jedinou pravou volbou a na tento materiál nedají dopustit. Je pravda, že skleněný skleník vydrží i po celá desetiletí, a také kvůli stavbě jeho základů je s tím třeba takto počítat. Skleník má výrazně pevnější a těžší konstrukci, která musí udržet těžké skleněné desky, což může být pro mnoho lidí známkou vyšší kvality, a také jeho životnost je výrazně delší.

Skleněné skleníky se hodí na zahrady, kde jim můžete vyhradit na dlouho stejný prostor, nemusíte řešit jejich možné stěhování nebo bourání (například pro různé zahrádkářské kolonie nebo pronajaté zahrady, u nichž nevíte, jak dlouho zde budete mít platnou smlouvu, je lepší zvolit plastový skleník, který mnohem rychleji a snadněji rozmontujete).

Polykarbonát je velmi často využívaným materiálem na výstavbu skleníků zejména díky svým výrazně vyšším tepelně izolačním schopnostem. Dokáže na rozdíl od skla dlouho udržet ve skleníku teplo, což se hodí zejména na začátku a na konci sezony, kdy venku bývá poměrně chladno. Tento skleník lze také lépe vytápět než klasický skleněný, protože v sobě dokáže teplo lépe nakumulovat.

Polykarbonátové skleníky jsou velmi lehké, takže požadavky na jejich konstrukci nejsou tak vysoké jako u skleněných. Není nutné stavět jim hlubší základy či podezdívky. Takové skleníky se finančně pohybují mnohem níže než jejich skleněné protějšky. Samozřejmě obrácenou stránkou je nižší životnost materiálů, a to jak samotných desek, tak i konstrukce, jež bývá ocelová nebo z hliníkových odlitků, i když u velmi kvalitního polykarbonátu hovoříme například o životnosti 15-20 let.

Plexisklo neboli akrylové sklo je vlastně rovněž plast, tzv. PMMA (polymethylmethakrylát). Skleníky z něj vyrobené se chovají velmi podobně jako skleníky z polykarbonátu, jsou tedy lehké a mají dobré tepelně izolační vlastnosti. Hlavní rozdíly mezi polykarbonátem a plexisklem jsou v podstatě dva:

Polykarbonát je materiál UV nestabilní a k tomu, aby mohl být využitelný pro venkovní účely, nanáší se na něj speciální UV film, který materiál chrání. Samozřejmě po jisté době (většinou hovoříme o době 10-15 let) dochází k otěru UV ochranné vrstvy a účinky polykarbonátu se snižují a desky křehnou a snadno pak praskají i při menším mechanickém tlaku. Další nevýhodou je to, že ochranná vrstva podléhá vlivům počasí a zachází, čímž se desky stávají matné až neprůhledné a nelze s tím nic dělat, zatímco plexisklo zůstává stejně čiré jako klasické sklo.

Plexisklo je na rozdíl od polykarbonátu mnohem křehčí a při rozbití se chová jako klasické sklo, tedy roztříští se, zatímco polykarbonát při mechanickém poškození zpravidla pouze praskne. Je to poměrně důležité z bezpečnostních důvodů. Polykarbonát často volí jako materiál lidé, kteří mají doma děti, neboť v případě nějaké nehody dochází k menším úrazům a na zahradě nenajdete rozsypané střepy.

Výběr vhodného materiálu na stavbu skleníku není tedy až tak složitý, jak by se na první pohled mohlo zdát. Důležité je stanovit si, zda jde o dlouhodobou investici (což v případě skleněných skleníků může být na celá desetiletí), jak moc jsme ochotni skleník vytápět, a tedy počítat s výdaji za elektřinu (u plastových skleníků je spotřeba elektrické energie přece jen poněkud nižší) a také jak moc se chceme věnovat údržbě. U skleníků ze skla nebo z plexiskla je velmi důležité udržovat desky čisté, aby se od nich mohly dobře odrážet sluneční paprsky, na druhou stranu ale v horkých měsících je třeba stěny i střechu zakrývat speciálními žaluziemi nebo natřít speciálním nátěrem, aby ostré sluneční paprsky rostliny uvnitř nepopálily. Tento nátěr pak lze snadno umýt.